V čele Kanceláře AZV je její ředitel, kterého jmenuje a odvolává předseda AZV. Ředitel kanceláře je odpovědný za svoji činnost předsedovi AZV.
Kancelář AZV zajišťuje pro AZV její administrativně organizační činnost a to zejména:
a) Administrativně organizační realizaci průběhu Veřejné soutěže,
b) Přípravu podkladů pro činnost Panelů, Vědecké rady, Kontrolní rady, KPN, Rady odborných garantů a Komisí, předsednictva AZV a předsedy AZV,
c) Přípravu dat do informačního systému Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace,
d) Administrativní zajištění činnosti Komise pro přijímání návrhů Projektů.
Kancelář AZV může být členěna na odborná oddělení. Kancelář AZV se při své činnosti řídí organizačním řádem a vnitřními předpisy AZV a dalšími příslušnými právními předpisy.
Ředitel kanceláře AZV ČR:
Bc. Martin Suchý
Mob.: +420 778 496 898
Sekretariát:
Martina Lišková
Tel.: +420 271 019 257
Právní – personální:
Mgr. Jan Potucký
Mob.: +420 771 521 947
Právní: 
Ekonom:
Ing. Tomáš Kovařík
Mob.: +420 775 852 927
Výkonná tajemnice Předsednictva AZV ČR, tajemnice Kontrolní rady AZV ČR:
Ing. Eva Kolářová
Mob.: +420 778 496 897
Vedoucí Oddělení projektové podpory, tajemnice Vědecké rady AZV ČR:
Ing. Iva Škach Vrbíková
Mob.: +420 778 496 890
Oddělení projektové podpory, tajemnice panelu 03 a 06:
Ing. Eliška Auředníková
Mob.: +420 778 496 892
Oddělení projektové podpory, Tajemnice panelů 02 a 05:
Mgr. Lucie Čápová
Mob.: +420 778 496 891
Oddělení projektové podpory, Tajemnice panelů 08 a 10:
Ing. Daniela Melicharová, DiS.
Mob.: +420 778 496 893
Oddělení projektové podpory, Tajemnice panelů 07 a 09:
Ing. Aneta Špačková
Mob.: +420 778 496 894
Oddělení projektové podpory, Tajemnice panelu 01 a 04:
Bc. Marie Matějková
Mob.: +420 778 762 992
Vedoucí Oddělení pro zahraniční spolupráci, koordinátorka Evropských partnerství pro oblast zdraví:
Mgr. Monika Kocmanová
e-mail:
telefon: +420 778 973 186
Oddělení pro zahraniční spolupráci, referent Evropských partnerství pro oblast zdraví:
Ing. Ráchel Hengalová
e-mail:
mob.: +420 778 880 697
Interní audit:
Ing. Vladimír Huňa
Mob.: +420 778 496 895
Kontrolní činnost:
Mgr. Petra Řepíková
Mob.: +420 778 461 291
Kontrolní činnost:
Mgr. Helena Stoklasová
Mob.: +420 775 872 185
IT (ISVP):
Ing. Petr Kotek
Řidič:
Jiří Kyjovský