Vědecká rada je nejvyšším odborným orgánem AZV.
Složení Vědecké rady, způsob její činnosti, podmínky nepodjatosti členů Vědecké rady, způsob nakládání s údaji obsaženými v návrzích Projektů jsou upraveny Statutem a jednacím řádem Vědecké rady a Panelů AZV.
Vědecká rada má nejvýše 16 členů, včetně předsedy a místopředsedy. Předsedu Vědecké rady jmenuje a odvolává předseda AZV na návrh odborné veřejnosti a MZd. Ostatní členy jmenuje a odvolává předseda AZV na návrh MZd. Členy Vědecké rady jsou předsedové Panelů a další zástupci odborné veřejnosti. Funkční období členů Vědecké rady, vyjma funkčního období předsedy Vědecké rady, je dvouleté s možností prodloužení o nejvýše dvě další po sobě následující funkční období. Opětovně je možné být jmenován členem Vědecké rady po uplynutí dvou let od skončení původního členství. Předseda Vědecké rady se po dobu výkonu funkce nemůže ucházet o účelovou podporu v pozici navrhovatele/řešitele nebo spolunavrhovatele/spoluřešitele Projektu.
V čele Vědecké rady je předseda a místopředseda. Členům Vědecké rady za výkon činností spojených s výkonem funkce náleží odměna. Výši odměny členů Vědecké rady stanovuje předseda AZV na návrh předsednictva AZV.
Vědecká rada zejména:
a) Posuzuje odborné hodnocení Projektů navržené jednotlivými Panely a stanovuje návrh celkového pořadí Projektů pro poskytnutí účelové podpory;
b) Posuzuje odborné hodnocení Projektů navržené jednotlivými Panely při hodnocení dílčích a závěrečných zpráv o řešení Projektů;
c) Informuje předsednictvo AZV o výsledcích hodnocení jednotlivých fází hodnocení návrhů Projektů a rovněž jednotlivých hodnocení dílčích a závěrečných zpráv o řešení Projektů;
d) Předkládá předsednictvu AZV návrhy spojené s metodikou hodnocení, podporou a zaměřením zdravotnického výzkumu a vývoje, navrhuje zřízení nebo zrušení Panelů, vyhodnocuje vědeckou úroveň Projektů a navrhuje předsednictvu AZV potřebná opatření.
Členové Vědecké rady AZV ČR:
prof. MUDr. Jiří Litzman, CSc. (předseda)
prof. MUDr. Luděk Červenka, CSc., MBA (místopředseda)
prof. MUDr. Martin Haluzík, DrSc. – 1. panel
prof. MUDr. Milan Štengl, Ph.D. – 2. panel
doc. Mgr. Jiří Šána, Ph.D. – 3. panel
prof. MUDr. Evžen Růžička, DrSc., FCMA, FEAN – 4. panel
doc. Mgr. Martina Lengerová, Ph.D. – 5. panel
prof. MUDr. Ivan Čundrle, Ph.D. – 6. panel
prof. MUDr. Eva Froňková, Ph.D. – 7. panel
prof. MUDr. Jakub Otáhal, , Ph.D. – 8. panel
doc. PhDr. Radka Bužgová, Ph.D. – 9. panel
prof. MUDr. Jiří Chomiak, CSc. – 10. panel
Další členové VR AZV:
prof. MUDr. Vladimír Beneš, DrSc.
doc. MUDr. Tomáš Kazda, Ph.D.
prof. MUDr. Miroslav Zavoral, Ph.D.
prof. MUDr. Zuzana Moťovská, Ph.D.