Předsednictvo AZV je výkonným orgánem AZV. Předsednictvo AZV má nejvýše 7 členů. Členem předsednictva AZV je vždy předseda AZV. Členové předsednictva AZV se ve své funkci řídí zejména Zákonem, Národní politikou výzkumu, vývoje a inovací České republiky 2021+, koncepčními dokumenty zdravotnického výzkumu MZ, zadávací dokumentací veřejné soutěže, zahraničními koncepčními dokumenty (např. Agenda 2030) a předpisy Evropské unie a evropských společenství (např. nařízení Komise (EU) č. 651/2014 ze dne 17. června 2014).
Členové předsednictva AZV ČR:

prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D. (předseda)

prof. MUDr. Zdeněk Krška, DrSc. (místopředseda)

prof. MUDr. Vladimír Komárek, Ph.D.

doc. MUDr. Regina Demlová, Ph.D

prof. MUDr. David Netuka, Ph.D.

prof. MUDr. Anna Šedivá, DSc.
Členy předsednictva AZV jmenuje a odvolává předseda AZV na návrh odborné veřejnosti a MZ. Výkon funkce člena předsednictva AZV je neslučitelný s činností v Panelech, Vědecké radě, Kontrolní radě a KPN. Funkční období členů předsednictva je dvouleté s možností prodloužení o nejvýše dvě další po sobě následující funkční období. Opětovně je možné být jmenován členem předsednictva po uplynutí dvou let od skončení původního členství. Členové předsednictva AZV se po dobu funkčního období nemohou ucházet o účelovou podporu v pozici navrhovatele/řešitele nebo spolunavrhovatele/spoluřešitele Projektu.
Předsednictvo AZV zejména:
a) Navrhuje vyhlášení a případné zrušení veřejných soutěží ve výzkumu, vývoji a inovacích ve zdravotnictví (dále jen „Veřejná soutěž“);
b) Předkládá ke schválení zadávací dokumentaci pro vyhlášení Veřejné soutěže;
c) V případě potřeby poskytuje konzultace KPN ohledně přijetí nebo nepřijetí návrhu Projektu do Veřejné soutěže;
d) Předkládá MZ návrh Vědecké rady na uzavření smluv o poskytnutí podpory nebo vydání rozhodnutí o navýšení rozpočtu;
e) Koordinuje činnost Panelů, Vědecké rady a KPN a spolupracuje s Kontrolní radou;
f) Může doplnit návrh Projektů vybraných ke kontrole na řešitelském pracovišti, který je Vědeckou radou předkládán MZ;
g) Předkládá MZ návrh rozpočtu AZV;
h) Předkládá MZ ke schválení návrh Statutu AZV nebo jeho změn;
i) Schvaluje organizační řád AZV, navrhuje ke schválení Jednací řád předsednictva AZV, a dále Statut a jednací řád Vědecké rady, Panelů a KPN po projednání s MZ;
j) Předkládá MZ minimálně jedenkrát ročně informaci o činnosti AZV, včetně informace o jednotlivých soutěžích ve výzkumu, vývoji a inovacích.
